مدخل محمد قائم (ع) علی‌رغم برخورداری از امتیازات و نقاط مثبتی که در جای خود قابل تقدیر است از جهات متعددی نیز نیازمند اصلاح و تکمیل است. نقدهای وارد بر این مدخل را می‌توان به سه بخش کلی، جزئی و شکلی تقسیم کرد. نقدهای یاد شده به ترتیب و اختصار بدین قرارند.
الف: نقدهای کلی:
1. یکی از اساسی‌ترین نقدهایی که بر این مقاله وارد است پرداختن بیش از حد به برخی مباحث ریز و جزئی و مغفول و مسکوت گذاردن مباحث اساسی است. به عنوان نمونه تعدادی از مباحث اساسی که جا داشت در این مدخل به آنها اشاره گردد بدین قرارند:
الف) بشارت پیامبر (ص) و امامان معصوم (ع) به امام مهدی (عج) و زمینه‌سازی آنان در این رابطه.
ب) زمینه‌سازی پیامبر (ص) و امامان معصوم (ع) برای غیبت امام مهدی (عج) و کتاب‌هایی که با عنوان الغیبۀ پیش از تولد آن حضرت نوشته شده که نشان دهندۀ قطعی بودن امر غیبت حضرت است.
ج) حکومت جهانی مهدوی.
د) انتظار و دوران غیبت کبرا (رهبری شیعه، چگونگی ارتباط با امام و ...)
هـ) ظهور و علائم آن (با توجه به اینکه بخش عمده‌ای از روایات پیشوایان شیعه که مربوط به امام مهدی (عج) است در این رابطه است) ـ توجه به این نکته ضروری است که بحث‌های یاد شده گرچه در مدخل مهدویت نیز قابل طرح‌اند لیکن اعتقاد به امام مهدی (عج) در میان شیعیان دوازده امامی را نمی‌توان از مطالب یادشده منفک کرد و داشتن یک تصویر کامل از امام مهدی (عج) در میان شیعیان دوازده امامی جز با پرداختن به مباحث یادشده امکان‌پذیر نخواهد بود.
و) آخرین موردی که می‌توان به آن اشاره کرد مغفول گذاردن این نکته اساسی است که محمد قائم (ع) شیعه همان مهدی موعود اسلام است. متاسفانه در هیچ جای این مدخل اشاره‌ای به عقیده نجات‌بخشی شیعه در مورد امام مهدی (عج) و این مطلب که به اعتقاد شیعیان دوازده امامی محمد قائم (ع) همان مهدی موعود اسلام است وجود ندارد و یک خواننده عادی از این مدخل چنین مطلب مهمی را برداشت نمی‌کند.
در مقابل بحث‌های مهمی که به آنها پرداخته نشده است می‌توان به نکات جزئی نیز اشاره کرد که طرح آنها هیچ ضرورتی نداشت مانند:
1ـ اختلاف در نام مادر آن حضرت
2ـ عدم تصریح به نام مبارک حضرت

2. ارائه تصویر نارسا از اندیشه مهدویت در میان شیعیان:
دومین نقد کلی به مقاله مورد بحث این است که به علت طرح ناقص برخی از مباحث، مواردی از اعتقادات شیعه برای یک خواننده عادی که از دلایل و فلسفه‌ این عقاید اطلاع ندارد، به شکل خرافی نمود پیدا کرده است که البته نویسنده در این زمینه تعمّدی نداشته است اما می‌توانست با استفاده از واژگان مناسب‌تر یا ارجاع به منابع دیگر این مشکل را حل نماید. به عنوان نمونه می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
الف) در مورد غیبت امام مهدی (عج) آمده است «... اصولاً به همین دلیل این پسر بلافاصله پس از وفات پدرش غایب گردید»
به نظر می‌رسد از ظاهر این عبارت ـ برای یک خواننده‌ای که برای اولین بار می‌خواهد با اندیشه مهدویت در میان شیعیان آشنا شود ـ این‌گونه برداشت می‌شود که به اعتقاد شیعیان امام مهدی (عج) به شکل ناگهانی نامرئی شد شبیه آنچه در فیلم‌های تخیّلی به نمایش در می‌آید. برداشت یادشده مسئله غیبت را خرافی جلوه می‌دهد. نویسنده می‌توانست با استفاده از عبارت‌هایی مانند: «زندگی پنهانی خود را آغاز کرد» و یا «خود را از انظار مردم دور نگه داشت» و عبارت‌های مشابه از این برداشت سوء پیشگیری نماید.
ب) در بحث خمس آمده است «از جمله وظایف آن دریافت یک پنجم یا خمس به نیابت از امام بود» این عبارت نیز برای یک مخاطب عادی، امام و نواب آن حضرت را نعوذبالله پول‌پرست، شبیه آنچه در میان ارباب کلیسا مطرح بوده جلوه‌گر می‌نماید. بهتر بود در کنار این مطلب به وظیفه دیگر آنان که توزیع صحیح اموال بود اشاره و با توضیح مختصری این نقیصه مرتفع شود مثلاً «نواب از طرف امام خمس اموال را دریافت کرده و برای کمک به فقرای شیعه، حل اختلافات مالی شیعیان و امثال آن، آن را هزینه می‌کردند»
ج) در مورد نهی از نام بردن حضرت مهدی (عج) نیز این مطلب بدون توضیح و تبیین برای یک خوانندۀ بی‌اطلاع شکل خرافی خواهد داشت. نویسنده می‌توانست این جمله را اضافه کند که:
«از آنجا که حاکمان عباسی گمان می‌کردند امام حسن عسکری (ع) فرزندی ندارد اگر به اسم مبارک امام مهدی (عج) تصریح می‌شد و نام آن حضرت بر سر زبان‌ها رواج پیدا می‌کرد، حساسیت دستگاه برانگیخته می‌شد و آنها را برای یافتن آن حضرت تحریک می‌کرد و این باعث به زحمت افتادن امام (ع) و شیعیان می‌شد. از این‌رو از تصریح به نام حضرت نهی شد»
این توضیح و یا توضیحی مشابه آن می‌توانست نقیصه یادشده را جبران نماید.
د) در مدخل آمده است «... او وظایف امامتش را از طریق نمایندگان یا سفرای چهارگانه انجام می‌داد» این عبارت باید اینگونه تکمیل شود: «وظایفی که انجام آنها با غیبت منافات داشت مانند گرفتن خمس و ... را از طریق نمایندگان خود انجام می‌داد» تا خواننده تصور نکند که امام مهدی (عج) در دوران غیبت هیچ وظیفه و رسالتی ندارد و هیچ کاری را خود انجام نمی‌دهد که در نهایت فلسفه امامت زیر سوال نرود.

3. سومین نقطه ضعف اساسی این مدخل تأکید بیش از حد بر نقاط اختلافی است که برای یک مخاطب عادی اصل مساله را نیز امری اختلافی و شک و شبهه‌دار جلوه‌گر می‌نماید. به عنوان نمونه می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
الف) شروع مدخل با یک بحث اختلافی است ـ اختلاف بر سر جانشین امام حسن عسکری (ع) ـ نویسنده می‌توانست مقاله را با معرفی امام مهدی (عج)، نام پدر و مادر، تاریخ تولد ... شروع کند و بعد بگوید البته شیعیانی که به امامت امام حسن (ع) معتقد بودند به گروه‌های دیگری نیز تقسیم شدند و بنابر نقل شیخ مفید تا سال 373 همه آنها منقرض شدند و همه شیعیان بالاتفاق به امامت امام مهدی (عج) معتقد بودند.
ب) طرح اختلاف در مورد زمان ولادت
ج) طرح اختلاف در مورد نام مادر حضرت (عج)
د) طرح اختلاف در مورد تصریح به نام مبارک حضرت
توجه به این نکته لازم است که ما منکر وجود اختلاف در این مسائل نیستیم اما نویسنده می‌توانست اقوال مشهور را ملاک قرار دهد و اقوال‌شاز را به عنوان شاذ و در پایان هر بحث طرح نماید در حالی که نویسنده اقوال شاذ و نادر را در عرض اقوال مشهور قرار داده و بلکه گاهی اقوال شاذ را بر رأی مشهور برتری داده است ـ مانند بحث اختلاف در امامت امام مهدی (عج) که نظر مشهور شیعیان را در پایان آورده است.

4. فقدان نظم منطقی در برخی موارد از دیگر نقدهای کلی این مدخل است به عنوان نمونه:
الف) در ص 1 مسئله اختلاف شیعیان بر سر امامت امام مهدی (عج) طرح شده است و در ص 2 علت این اختلاف ـ فشار عباسیان، تولد مخفیانه امام مهدی (عج) و تعمّد امام حسن (ع) به مخفی نگه داشتن فرزند خود ـ ذکر شده است در صورتی که اگر علت در ابتدا ذکر می‌شد و بعد از آن به مسئله اختلاف بر سر جانشینی امام عسکری (ع) اشاره می‌شد این اختلاف طبیعی جلوه می‌کرد.
ب) بحث از القاب امام مهدی (عج) باید در ابتدا و پس از معرفی حضرت بیایند نه در آخر.

5. آخرین نقد اساسی این مقاله محدود بودن منابع این تحقیق از یک‌سو و دست چندم بودن آنهاست. نویسنده می‌توانست با مراجعه به کتاب‌های کهن شیعه مانند الامامه و التبصره ابن بابویه، غیبت نعمانی، کمال‌الدین شیخ صدوق و غیبت شیخ طوسی و ... دیدگاه شیعیان نسبت به امام مهدی (عج) که در احادیث جلوه‌گر شده است را شناسایی نماید.

ب: نقدهای جزئی
1ـ سال وفات امام حسن عسکری در صفحه اول سال 874 میلادی ذکر شده است امّا در صفحه دوم سال 873 ـ 874 م آورده شده که نشان از تردید در تعیین سال میلادی دارد.
2ـ تعبیر «چه کسی به عنوان جانشین وی شناخته شود» تعبیر درستی نیست؛ زیرا این مطلب را می‌رساند که امام از سوی پیروان تعیین شد و اختلاف بر سر تعیین بود، بهتر است این‌گونه تعبیر شود که چه کسی امام بعدی است.
3ـ قید [اولیه] در ص 1 س 4 گویا از سوی مترجم اضافه شده و به هر صورت زاید و غلط است و مخل مطلب می‌باشد.
4ـ معیار دسته‌بندی فرقه‌های ذکر شده در منابع به پنج دسته معلوم نیست و می‌توان آنها را به بیش از پنج دسته تقسیم کرد به عنوان مثال قایلین به امامت علی که به عقیده آنها فرزند امام حسن عسکری بود در هیچ یک از دسته‌های ذکر شده جای نمی‌گیرد.
5 ـ استفاده از ابوالقاسم محمد به عنوان نام امام دوازدهم صحیح نیست و باید بین نام و کینه فرق گذاشته شود.
6 ـ حیطه‌کاری و وظایف سفرا بیش از موارد ذکر شده در مقاله می‌باشد که می‌شد حداقل به برخی از موارد مهمتر از آنچه در مقاله آمده، اشاره کرد.
7ـ شیعیان از پرسیدن نام امام مهدی (عج) منع نشده بودند و حتی در منابع متعدد به نام آن حضرت اشاره شده است، بلکه آنان از ذکر نام آن حضرت منع شده بودند.
8 ـ نام جد مادری آن حضرت یشوعا یا یوشعا است.

ج: نقدهای شکلی
1ـ استفاده از نام «محمد قائم» در میان شیعیان و سایر مسلمانان رواج ندارد و در مقاله‌ای که به عنوان مدخل اصلی در نظر گرفته شده حتماً باید از اسامی و القاب معروف و رایج استفاده شود.
2ـ بهتر بود به جای استفاده از تعبیر «اثنی عشری یا دوازده امامی»، اصطلاح اثنی عشری را ذکر و دوازدهم امامی را داخل پرانتز می‌آورد و کلمه «یا» را حذف می‌کرد.
3ـ در تالیف مقالات دایره‌المعارفی باید از منابع دست اول و به خصوص متقدم استفاده شود. در این مقاله استفاده از کتاب ملل و نحل شهرستانی متوفای 548 هـ . ق آن هم با وجود منابع متقدم هیچ لزومی ندارد و اگر قرار بر استفاده هم باشد حداقل باید ترتیب تاریخی تالیف این منابع رعایت شود.
4ـ در ترجمه مقاله اندکی سهل‌انگاری شده و برخی اسامی همانند «صیقل» و «سَمری» به صورت سیقل و سامرّی، آورده شده است.
در کل باید گفت مقاله حاضر به عنوان مدخل دایره‌المعارفی نتوانسته تصویر و گزارشی کامل از عقاید شیعه و حتی دیگر مسلمانان در رابطه با امام مهدی ارائه دهد و جنبه موعود بودن آن حضرت و سابقه این اندیشه در میان مسلمانان و هم‌چنین مساله غیبت و چگونگی آن و ... مورد توجه واقع نشده است. هم‌چنین محقق در تالیف مقاله از منابع اندک و متأخر استفاده کرده در حالی که می‌توانست از منابع متقدم، معتبر و بیشتری استفاده کند و چون قصد ارائه تصویر و گزارش از امام مهدی (عج) را دارد به خصوص باید از منابع شیعی بیشتر استفاده می‌کرد.